Globalne klimatske promjene i promjena kvalitete vode glavni su uzroci promjena u osjetljivom ekosustavu, pa dugoročno praćenje onih ekoloških činitelja koji najviše utječu na razvitak i opstanak zajednica u rijeci Krki omogućuje pravovremeno reagiranje na uočene promjene.
Rijeka Krka pripada tipičnim krškim tekućicama, koje u hidrološkom pogledu obilježavaju velike sezonske promjene. Zbog manje izdašnosti izvora, u sušnom ljetnom razdoblju količina vode se smanji, što znatno promijeni hidrološke prilike na barijerama: na presušenim barijerama živi svijet sedrotvoraca počne odumirati, a kad se takva staništa ponovno nađu ispod vode, on se počne obnavljati.
Poznato je da i smanjivanje brzine strujanja vode nepovoljno utječe na osedravanje. Rast temperature zraka i trend stagnacije količine oborina dovode do smanjenja srednjih godišnjih protoka rijeke Krke, a time i do smanjenja srednjih godišnjih vodostaja. Očekivano je da ti trendovi dovode i do povećanja srednjih godišnjih temperatura vode. Količina otopljenog kisika u vodi, potrebnog svim organizmima koji u njoj žive, izravno je povezana s temperaturom i protokom: hladna voda lakše zadržava otopljeni kisik pa ga u njoj ima više. Kako temperatura vode raste, u njoj je sve manje otopljenog kisika, a kao izravna posljedica toga, smanjuje se i količina živog svijeta u njoj. Količina otopljenog kisika također ovisi i o brzini protoka vode: ako je on brži, voda je stalno svježa i bogatija kisikom i puno se teže zagrijava nego „mirna“ voda.
Sedrotvorne zajednice jako su osjetljive na onečišćenje i smanjenje protoka vode. Budući da izgradnja novih sedrenih barijera ovisi o specifičnim zajednicama organizama koji ih grade i nastanjuju, te se zajednice moraju očuvati u njihovu izvornom obliku da bi se proces izgradnje sedrenih barijera i dalje odvijao. Sve te promjene kvalitete vode na sedrenim barijerama dovode do promjena u sastavu živoga svijeta. Stvaranje nepovoljnih uvjeta za razvitak mahovina, tvorbenih činitelja zajednica na barijerama, dovelo bi u pitanje cjelokupni proces taloženja sedre i rast barijera. Zato je očuvanje kakvoće rijeke Krke i procesa taloženja sedre dugoročni cilj upravljanja Nacionalnim parkom „Krka“.
